Doktor nauk ekonomicznych Uniwersytetu Gdańskiego. Absolwent Wydziału Budownictwa Lądowego Politechniki Gdańskiej, w czasie studiów Wicemarszałek Parlamentu Studentów. Absolwent Studium Podyplomowego Prawa Samorządowego na Uniwersytecie Gdańskim, oraz Studium Zarządzania Uniwersytetu Gdańskiego i Central Connecticut State University.
Od 1990 radny i wiceprezydent Sopotu, a od 1998 roku prezydent Sopotu. W latach 1990-98 radny Sejmiku Województwa Gdańskiego, przewodniczący Komisji Ochrony Środowiska. Od 2007 roku Wiceprezes Związku Miast Polskich; Delegat do Kongresu Władz Lokalnych i Regionalnych przy Radzie Europy, Współprzewodniczący Zespołu ds. Ustrojowych Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego.
Działalność polityczną rozpoczął na studiach jako członek władz Ruchu Młodej Polski. Był również współzałożycielem i członkiem zarządu Związku Akademickiego VERBUM. Za działalność opozycyjną został zatrzymany, odebrano mu paszport.
Współzałożyciel i członek władz Partii Konserwatywnej i Stronnictwa Konserwatywno Ludowego.
Od 2001 do 2008 związany z Platformą Obywatelską RP. Pełnomocnik Regionu Gdańskiego, później członek zarządu PO RP na Pomorzu.
Jest członkiem nadzwyczajnym Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej oraz Zrzeszenia Kaszubsko-Pomorskiego.
Jacek Karnowski jest ratownikiem i założyciel sopockiego WOPR, posiada patent sternika jachtowego i motorowodnego, jest instruktorem narciarstwa.
